第一次全国政府网站普查方式包括以下三类：
1.自查：各政府网站主管单位按照普查指标，对所负责的网站进行自查、自纠、整改。
2.检查：各组织单位对本地区、本部门网站进行检查，检查范围至少覆盖本级部门填报的网站、本级部门下属参照公务员法管理的事业单位网站，以及下一级组织单位的网站（包括下一级政府门户网站和下一级组织单位主办的其他网站）。
3.抽查：国务院办公厅根据各地区、各部门报送的政府网站有关信息，通过系统扫描和人工复核等方式开展抽查核查。